Die Geschichte des Arnold-Janssen-Gymnasiums (AJG) beginnt am 8. September 1928 mit der Grundsteinlegung für den Neubau einer Niederlassung der Steyler Missionare (SVD: Societas verbi divini – Gesellschaft des göttlichen Wortes) auf einem Ödland zwischen Emsdetten und Neuenkirchen. Das neue Missionshaus erhielt den Namen „St. Arnold“ nach dem Gründer der SVD, Arnold Janssen. Es sollte auch die Keimzelle für die Ortschaft St. Arnold werden. Die Aufgabe des neuen Missionshauses war es vor allem, zukünftige Ordenspriester und Ordensbrüder auszubilden und sie auf ihre vielfältigen Dienste auf Missionsstationen in aller Welt vorzubereiten. Das neue Ordenshaus war besonders konzipiert als eine Entlastung des Gymnasiums in Steyl, das aus allen Nähten zu platzen drohte.
Im September 1929 zogen die ersten Schüler in St. Arnold ein und im April 1930 wurde die Ordensniederlassung als Schule genehmigt und unter die staatliche Schulaufsicht gestellt.

In den folgenden 40 Jahren durchlief das heutige Gymnasium eine sehr wechselvolle Geschichte: 1940 wurde die Missionsschule von den Nationalsozialisten geschlossen und erhielt erst 1946 von der englischen Besatzungsbehörde die Genehmigung zur Wiedereröffnung. 1954 konnten die ersten elf in St. Arnold ausgebildeten Schüler im Missionshaus St. Xaver (Bad Driburg) die Abiturprüfung ablegen. 1964 erteilte der Kultusminister des Landes Nordrhein-Westfalen die Erlaubnis, das bisherige Progymnasium in eine Vollanstalt auszubauen, so dass die Schüler ab der Obersekunda (Jahrgangsstufe 11) nicht mehr nach Bad Driburg gesandt werden mussten.

Zwischen 1972 und 1980 nahm die Schule um jährlich 100 Schüler zu. Unterrichteten 1970 am AJG 19 Lehrer, unter ihnen elf Patres, so waren es 1984 60 Lehrerinnen und Lehrer, unter ihnen acht Patres und eine Steyler Ordensschwester.

1985 gehörte erstmalig kein interner Schüler mehr dem AJG an. Aus der ursprünglichen Ordensnachwuchsschule entstand eine Ordensschule für externe Schülerinnen und Schüler, die zu christlichen Persönlichkeiten erzogen werden sollten.
Mit der zunehmenden Schüler- und Lehrerzahl veränderte das Arnold-Janssen-Gymnasium auch sein äußeres Gesicht. Gebäude und Räumlichkeiten passte man in Größe und Ausstattung den neuen Bedingungen an. 1977/78 entstand der Schulneubau, 1978/79 die große Zweifach-Turnhalle.

Mit dem 1. 1. 1996 übernahm das Bistum Münster vom Steyler Orden die Aufgabe als Schulträger. In organisatorischer Hinsicht löste sich das Arnold-Janssen-Gymnasium endgültig von seinen Anfängen als Missionsschule. Mit den im Missionshaus wohnenden Patres und Brüdern pflegt es jedoch weiterhin regelmäßigen Kontakt.
Das neue Jahrtausend sah nicht nur einen erneuten Wechsel in der Schulleitung, sondern auch den Beginn einer neuen und umfassenden Bautätigkeit. Es entstanden neue Klassenräume und großzügige, moderne Fachräume (u.a. Biologie- und Chemieräume und zwei große Multimedia- und Computerräume), die den Anforderungen eines zeitgemäßen Unterrichtes entsprechen. Die Sportanlagen wurden modernisiert, der Umbau des Verwaltungstraktes ist im Gange. Die Zielplanung sieht weitere Sanierungs- und Umbaumaßnahmen vor, darunter die Fassadenerneuerung und die innere Neugestaltung der Missionskirche.